Neben der direkten Zusammenarbeit mit Handelspartnern unterhält BanaFair vielfältige Beziehungen zu über 20 Organisationen in bananenproduzierenden Ländern. Dazu zählen verschiedene Kleinbauernverbände in Lateinamerika und der Karibik, der Zusammenschluss der Gewerkschaften und Landarbeiterorganisationen in Lateinamerika (COLSIBA) sowie Umweltinitiativen und soziale Organisationen. BanaFair unterstützt die Arbeit dieser Partner finanziell und politisch.